Ngày 10 tháng 10 năm 2016, trước khi bị bắt vài giờ, Mẹ Nấm đã đến Trại tạm giam sông Lô tỉnh Khánh Hoà, cùng với mẹ của Nguyễn Hữu Quốc Duy để đòi được thăm nuôi và đưa video trực tiếp lên Facebook. Nguyễn Hữu Quốc Duy (sinh năm 1985) bị kết án ba năm tù giam theo điều 88 tội "tuyên truyền chống phá Nhà nước" vì chia sẻ những link trên facebook.[22] Công an đã ra mời bà vào trại giam và tạm giữ luôn.

Mẹ Nấm bị bắt với tội danh theo điều 88 khoản 1 Bộ luật Hình sự - tuyên truyền chống nhà nước Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam.[1][2][3]

Trước đó hai ngày, an ninh Việt Nam đã bao vây một khách sạn ở Vũng Tàu, tạm giữ khoảng 30 người tham dự cuộc tọa đàm về “Tuổi trẻ và Xã hội Dân sự” trong đó có bác sĩ Nguyễn Đan Quế, luật sư Lê Công Định.[23]

Cáo trạng của Công an tỉnh Khánh Hòa kết luận giám định 400 bài viết trên Facebook cá nhân của bà Quỳnh (gồm 1.180 trang) và tập tài liệu “Stop police killing civilians - SKC” ("Chấm dứt tình trạng công an giết hại dân thường") do bà Quỳnh biên tập, in ấn, có nội dung "lợi dụng quyền tự do dân chủ, kích động nhân dân chống lại chính quyền, chống lại chế độ, gây phương hại đến an ninh quốc gia, trật tự an toàn xã hội".[24]

Ngày 23 tháng 2 năm 2017, trả lời VOA, bà Nguyễn Thị Tuyết Lan, mẹ của Nguyễn Ngọc Như Quỳnh đã xác nhận Viện Kiểm sát Nhân dân tỉnh Khánh Hòa đã ký lệnh gia hạn tạm giam đối với con bà vào ngày 13/1/2017, gia hạn từ ngày 7/2 cho tới ngày 7/5, nhưng bà chưa hề nhận được văn bản này, tất cả chỉ là thông báo miệng. Luật sư vẫn chưa được tiếp xúc với Như Quỳnh, “họ gửi văn bản đi nhưng không được hồi đáp".[25]

Ngày 15.6, mẹ của blogger Nguyễn Ngọc Như Quỳnh lại cho biết bà "tám tháng chưa được gặp con" và "được thông báo Quỳnh vừa bị gia hạn tạm giam thêm hai tháng, tức là đến ngày 18/8/2017".[26]

Phản ứng về việc bắt giam

•  Hoa Kỳ: Ngày 11 tháng 10 năm 2016, người phát ngôn Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ phụ trách khu vực Đông Á - Thái Bình Dương, Katina Adams, nhấn mạnh: "Chúng tôi hết sức quan ngại về vụ bắt giữ blogger Nguyễn Ngọc Như Quỳnh. Chúng tôi kêu gọi chính phủ Việt Nam phóng thích cô Quỳnh cùng tất cả những tù nhân lương tâm khác, cho phép tất cả mọi người dân ở Việt Nam được tự do bày tỏ quan điểm chính trị trên mạng và ngoài đời mà không sợ bị trả thù. Xu hướng gần đây bắt bớ và tuyên án các nhà hoạt động ôn hòa [tại Việt Nam] rất đáng ngại và đang đe dọa che phủ tiến bộ về nhân quyền của Việt Nam."[27] Ngày 29 tháng 7 năm 2017, người phát ngôn Heather Nauert nói với báo giới Hoa Kỳ: "Tôi quan ngại sâu sắc về các phiên tòa của Việt Nam và việc kết án người được trao Giải thưởng Phụ nữ Quốc tế Can đảm 2017 và blogger ôn hòa Nguyễn Ngọc Như Quỳnh. Cô còn được gọi là “Mẹ Nấm”. Cô đã bị kết án 10 năm tù với buộc tội mơ hồ tuyên truyền chống nhà nước." […][28]
•  Đức Ngày 22 tháng 12 năm 2016, Dân biểu Liên bang Frank Schwabe, Phát ngôn nhân về Chính sách Nhân quyền của Khối Dân biểu đảng Dân chủ Xã hội Đức (SPD), tuyên bố: "Hôm nay Khối Dân biểu đảng Dân chủ Xã hội Đức (SPD) đòi hỏi cho bà Nguyễn Ngọc Như Quỳnh được tự do tức khắc và vô điều kiện. Bà bị bắt giam hồi tháng 10 năm 2016 vì lý do tuyên truyền chống nhà nước Cộng hòa Xã hội chủ nghĩa Việt Nam. Khối dân biểu đảng Dân chủ Xã hội Đức (SPD) đang vô cùng lo lắng về điều kiện giam giữ đối với Blogger Nguyễn Ngọc Như Quỳnh. Hiện nay bà không được phép gặp hai đứa con nhỏ và các thành viên khác trong gia đình. Bà cũng không được phép có luật sư để nhận hỗ trợ về mặt pháp lý. Nguyễn Ngọc Như Quỳnh đã không phạm tội gì mà đã chỉ thực hiện quyền tự do ngôn luận của mình." [29][30]

Về việc lừa dối nơi giam giữ

Mẹ của Nguyễn Ngọc Như Quỳnh, hôm 23/06, viết trên Facebook mô tả về điều bà gọi là "những hành vi lừa đảo và vô nhân tính" đối với con mình: "Con tôi đã không ở trại tạm giam Công an tỉnh Khánh Hòa như cơ quan An ninh - Điều tra tỉnh Khánh Hòa đưa thông báo cho tôi. Trong suốt tám tháng qua tôi đã bị lừa khi lặn lội đến thăm con tại một trại tù mà con tôi không có ở đó."[31]

Từ Hoa Kỳ, Điếu Cày Nguyễn Văn Hải nói trường hợp này giống "y hệt" trường hợp của ông: "Họ không muốn người bên ngoài biết người bị giam giữ đang ở đâu. Cách đối phó bẩn thỉu và vô nhân tính này được áp dụng với nhiều người rồi và được các trại giam truyền kinh nghiệm cho nhau chứ không phải chỉ ở một nơi." Ông Hải giải thích rằng an ninh muốn cô lập người họ bắt và triệt tiêu tất cả sự giúp đỡ từ bên ngoài là vì họ muốn người tù "rơi vào sự cô đơn" và không biết "có ai còn nhớ tới mình hay không".[32]

Phiên toà sơ thẩm

Ngày 23 tháng 6 năm 2017, luật sư Nguyễn Khả Thành cho VOA biết: "cô Như Quỳnh sẽ không nhận tội khi ra tòa, và chắc chắn chúng tôi sẽ tranh tụng trước tòa theo hướng cô Như Quỳnh vô tội."[33]

Nội dung cáo trạng của Viện Kiểm sát Nhân dân Tỉnh Khánh Hòa:

• Chết "vì công an": Năm 2014, bà thu thập thông tin về 31 trường hợp người dân bị chết trong và sau khi làm việc với cơ quan công an, rồi làm thành tài liệu có tên "Stop police killing civilians" (tạm dịch: Phải chấm dứt việc cảnh sát giết dân thường).
• Vận động nhân quyền: Cáo trạng nói bà Như Quỳnh, vào năm 2015, đã cùng 162 cá nhân, 27 tổ chức kêu gọi người dân tham gia chiến dịch "vận động nhân quyền. Cáo trạng nói lời kêu gọi đã "công khai phủ nhận vai trò lãnh đạo của Đảng Cộng sản".
• Xuyên tạc trên báo đài: Cáo trạng liệt kê từ 2013 đến 2016, bà Như Quỳnh nhiều lần trả lời phỏng vấn báo, đài nước ngoài để "xuyên tạc tình hình trong nước". Một giám định viên tư pháp nói bà đã "xuyên tạc trắng trợn nhằm bôi nhọ Việt Nam".
• Tàng trữ tài liệu: Cáo trạng khép tội bà Như Quỳnh vì "tàng trữ" tập thơ "Bài thơ một vần" của tác giả Bùi Chát và một CD nhạc có bài hát "Viết về ngư dân Việt Nam" của nhạc sĩ Tuấn Khanh. Hai tác phẩm này bị ghi là "đả kích chế độ xã hội chủ nghĩa, kích động nhân dân phá hoại khối đại đoàn kết toàn dân".

Cáo trạng nói từ khi bị bắt tạm giam ngày 10/10/2016, bà Như Quỳnh "không có sự chuyển biến tư tưởng, luôn giữ thái độ chống đối", "không thành khẩn khai báo, không ăn năn hối cải".[34]

Ngày 29 tháng 6 năm 2017, Toà án nhân dân tỉnh Khánh Hòa xét xử, tuyên phạt Mẹ Nấm 10 năm tù giam với tội danh Tuyên truyền chống nhà nước, khoản 1 điều 88 BLHS.[35] Bà Nguyễn Thị Tuyết Lan, mẹ của Blogger Mẹ Nấm đã không được dự phiên tòa với lý do đây là một phiên tòa “đặc thù” mặc dù trong quyết định xử án Tòa án đã nêu rõ “vụ án được xét xử công khai.”.[36]

Phản ứng đối với bản án sơ thẩm

•  Hoa Kỳ Ngày 29 tháng 6 năm 2017, người phát ngôn Heather Nauert nói với báo giới Hoa Kỳ, "Quỳnh đã bị tuyên án 10 năm với một bản án mơ hồ về tội chống phá nhà nước. Cách đây không lâu, cô đã được Phu nhân Tổng thống Melania Trump vinh danh Phụ nữ Quốc tế Dũng cảm." Bà Nauert kêu gọi Việt Nam "thả Mẹ Nấm và tất cả những tù nhân lương tâm khác ngay lập tức và cho phép các cá nhân Việt Nam quyền tự do biểu đạt và hội họp mà không sợ bị trả đũa."[37]
• Việt Nam Ngày 29 tháng 6 năm 2017, người phát ngôn bộ ngoại giao Việt Nam nói: "Phiên tòa xét xử Nguyễn Ngọc Như Quỳnh đang diễn ra công khai, đúng theo các quy định của pháp luật Việt Nam".[38]
•  Liên minh châu Âu Thông điệp của Đại sứ Bruno Angelet, Trưởng Phái đoàn Liên minh châu Âu tại Việt Nam: "Việc kết án 10 năm tù giam bà Nguyễn Ngọc Như Quỳnh vào ngày hôm qua sau khi bà biểu đạt ý kiến của mình về các vấn đề môi trường và xã hội một cách ôn hoà mâu thuẫn trực tiếp với Tuyên ngôn Quốc tế về Nhân quyền và Công ước Quốc tế về các Quyền Dân sự và Chính trị mà Việt Nam là một thành viên,... Việc luật sư của bà chỉ được phép gặp bà vài ngày trước đây để chuẩn bị bào chữa cho bà đã đặt ra một câu hỏi về quyền đối với quy trình bào chữa thỏa đáng mà mỗi người Việt Nam được hưởng theo quy định pháp luật. Quyết định của các cơ quan có thẩm quyền Việt Nam không cho phép các đại diện của Phái đoàn EU cũng như của các đại sứ quán các nước thành viên EU quan sát phiên xét xử đã đặt dấu hỏi về sự minh bạch của quá trình xét xử.[39]
•  Đức Ngày 30/6, Đặc ủy Nhân quyền của Chính phủ Cộng hòa Liên bang Đức, bà Bärbel Kofler, tuyên bố: "Bản án vì động cơ chính trị rõ ràng này đã đi ngược lại các nguyên tắc về nhân quyền và vi phạm các nghĩa vụ quốc tế trong lĩnh vực quyền dân sự và chính trị mà Việt Nam đã ký kết. Mức án nặng còn cho thấy sự bất hợp lý và thiếu cân nhắc đối với quyền căn bản về tự do biểu đạt và tự do báo chí được Hiến pháp Việt Nam đảm bảo. Chị Quỳnh đã đấu tranh chống tham nhũng và các tiêu cực trong xã hội. Bằng các bài viết của mình, chị đã khiến dư luận chú ý đến số lượng lớn các trường hợp tử vong không rõ nguyên nhân trong trại giam và trại tạm giam. Bên cạnh đó, chị còn tranh đấu không biết mệt mỏi cho các ngư dân bị ảnh hưởng bởi sự cố môi trường tại miền Trung Việt Nam và gia đình của họ. Việc các cơ quan chức năng trừng phạt những nỗ lực vì quyền tự do dân sự, môi trường và bảo vệ người tiêu dùng nói trên cũng như trong các trường hợp blogger khác bằng việc đàn áp, bắt bớ và giam giữ là một dấu hiệu đáng báo động – đặc biệt là khi quan sát các nỗ lực cải cách trong lĩnh vực hành chính, môi trường và bảo vệ người tiêu dùng mà Chính phủ đã tuyên bố, bởi nếu không có các nỗ lực dân sự và sự tăng cường minh bạch thì mục tiêu hiện đại hóa đất nước một cách bền vững sẽ không thể đạt được." [40][41]

Phiên tòa phúc thẩm

Ngày 30 tháng 11 năm 2017, TAND cấp cao tại Đà Nẵng cho rằng không có căn cứ xét giảm án, bác kháng cáo và giữ nguyên án 10 năm tù với Nguyễn Ngọc Như Quỳnh.[5]